9ㆍ11테러 이후 미국 부시 행정부가 선언한 테러와의 전쟁은 유례 없는 새로운 형태의 예측하지 못한 전쟁이었고 이로 인하여 인권법과 불가피한 충돌이 발생하기도 하였다. 테러리즘을 테러와의 전쟁이란 개념으로 전환시키는 것은 인권의 적용문제와도 밀접한 관련이 있다. 테러와의 전쟁이 선포된지 8년 남짓한 시간이 흘렀음에도 불구하고 테러행위는 오히려 확산되고 있는 추세이다. 인류 안보의 위협에 대한 대처방법으로 효율적인 대테러전략을 수립하는 것은 인권법이 지향하는 궁극적인 목표에 부합할 뿐 아니라 인권의 보호에 있어 필수요건이 되었다.
일반적으로 국가는 인권법상 인권보호를 위해 적절한 조치를 취해야 하는 적극적인 의무(positive obligation)와 보호대상이 되는 권리를 위반하지 않아야 하는 소극적인 의무(negative obligation)를 가진다. 테러리즘과 관련하여 국가는 이러한 의무를 이행하기 위해 효율적인 대테러리즘(counter-terrorism) 전략을 수립해야 하며 테러행위를 예방할 의무와 테러행위자를 처벌할 의무도 지게 된다. 인권법의 적용은 평시와 전시를 불문하기에 긴급사태가 발생하거나 무력충돌 시에도 당연히 적용이 된다. 하지만 테러의 위협과 무력충돌과 같은 특수한 상황에 적용되는 경우 일정한 권리가 필요시 제한될 수 있으나 공공의 비상사태 경우에는 인권의 제한이 광범위하기 때문에 인권법상 가장 엄격한 기준이 적용되어야 한다.
테러리즘에 효율적으로 대응하면서 동시에 인권을 보호하는 것은 테러와의 전쟁에 있어 국가의 중요한 권리이자 의무이다. 하지만 국가가 국제인권법의 테두리 내에서 합법적이면서도 동시에 효율적인 수단을 찾는 일은 쉬운 일이 아니다. 대부분의 인권조약에서 발견되는 일탈조항(derogation clause)은 국가비상사태 등 특수한 상황의 발생을 전제로 하며 일시적으로 조약상의 의무이행을 면제 받는 것을 의미한다. 그러나 이러한 조항을 규정할 시에도 구체적인 사유와 면제기간, 조건 및 범위를 설정하는 것이 필요하다. 현대의 국제테러리즘은 많은 국가들의 안보를 위협하는 직접적인 요인으로 인식되고 있다. 다수의 국제인권조약에서 규정된 일탈조항들은 국가의 생존에 위협을 가하는 특수한 상황에 대처하기 위해 국가가 합법적으로 인권을 위반할 수 있는 틀을 허용한다. 따라서 국제인권법상 ‘필요의 악’이라고 칭해지기도 하는데, 이러한 인권보호 의무로부터의 일탈은 국가주권의 강화와 국가주권을 제한하려는 국제법상의 갈등으로 심화될 것 이다.

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The 9ㆍ11 terrorist attacks have forever changed the concept of traditional terrorism due to its unprecedented scale and means and thereby led the debate on what is permissible in situation of state exigency. Terrorism inevitably brings devastating consequences for the human rights costs as well as for governmental functions. Just as terrorism influences on a range of fundamental human rights, so too can measures adopted by States to counter terrorism. However, in the absence of international agreement on the definition of terrorism, it remains difficult to distinguish lawful from unlawful violence at the international level.
While a state is endowed with a duty to effectively prevent the terrorism, it is also confronted with a duty to protect and respect the human rights at the same time. Derogation clauses, found in many international and regional human rights treaties, can be invoked to safeguard the right of a state in dealing with public emergencies. For instance, derogation clauses included in the International Convention on Civil and Political Right allow a state to be exempt from the duty to protect human rights from extraordinary threats, yet these clauses contain a number of strict criteria regarding the extent to which the temporary exemption is tolerable.
The UN has been continuously expressing its concern about human rights particulary in the context of terrorism and investigating the human rights dimensions of terrorism by generating a series of resolutions, working papers and reports. As terrorism and counter-terrorism measures clearly fall under the mandate of UN human right bodies as well as various human rights treaty bodies, it should be reminded that human rights are the utmost value to be upheld even in the fight against terrorism.

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