학교법인은 일반 비영리법인과는 달리 조세상의 특례규정을 두고 있다. 최근 학교법인의 수익사업이 다양해짐에 따라 고유목적사업과의 영역구분이 어려워지고 있으며, 한시법인 조세특례제한법의 규정이 만료되는 경우에는 다른 비영리법인과 동일한 위치의 혜택을 받게 되므로, 수익사업 전입금액을 감소시켜 학교법인의 고유목적활동을 위축시킬 수 있다. 본 연구는 학교법인(사립대학) 과세제도의 문제점을 실무적으로 검토하여 개선방안을 다음과 같이 제시하고 있다.
첫째, 수익사업과 고유목적사업의 범위를 명료하게 구분할 수 있도록 입법체계상의 미비점을 보완하여 법령에 명문화하고, 수익사업에서 제외되는 교육관련 부대용역의 범위에 대학부설 평생교육원, 창업보육센터 등의 수입을 포함하도록 조정하여야 하며, 수익사업과 관련하여 모호하거나 비현실적인 예시는 개정하여야 한다. 또한, 학교법인을 포함한 비영리법인의 업종별 과세지침서를 발간하여 납세자의 편의를 제고하고 과세관청의 재량의 한계를 엄수하도록 하여야 한다.
둘째, 고유목적사업준비금 설정시 100%준비금설정이 가능한 이자소득 등 특정소득금액의 범위에 배당소득도 포함하도록 규정하여야 하며, 기부금으로 상환한 수익사업 차입금이나, 수익사업 전입금으로 학교회계의 차입금 상환에 사용한 금액도 고정자산취득 지출과 동일하게 고유목적사용금액으로 인정해야 한다.
셋째, 사립대학 지원세제 중 취득세 및 연구개발용역 대가, 기부금에 대한 과세제도를 정비할 필요가 있다. 특히 교육목적지원을 위해 의무적으로 보유하고 있는 수익용부동산의 재산세?종합토지세 등 지방세 감면확대가 필요하다.
넷째, 공익법인 세무확인제도를 외부감사제도로 대체하여 감사전문가에 의한 외부감사를 확대하는 것이 기부금의 투명한 목적사용과 자율적인 기부환경 조성에 기여할 것으로 보이며, 세무보고 자료 역시 일반인이 열람할 수 있도록 공개방법을 구체화하여야 한다. 공익법인의 자기내부거래에 대한 증여세를 공익법인이 아닌 출연자에게 과세하도 록 개선되어야 한다. 또한 사립대학의 구조조정 촉진을 위해 학교법인 해산에 따른 증여세 과세특례규정은 고등학교이하의 학교법인에서 사립대학으로 확대하는 것이 바람직한 시점으로 보인다.
이와 같은 연구결과로 학교법인의 과세제도가 합리적으로 개선되고 운영되어, 학교법인에게는 고유목적사업에 대한 지원 확대와 수익사업에 대한 납세의식을 고양하고, 기부자에게는 감사받은 투명한 회계?세무정보를 제공함으로써 건전한 기부문화를 정착시켜 부족한 학교재정을 확충하게 하는데 기여할 것을 기대한다. 또한 교육기관 이외의 각종 비영리법인의 분야별 연구에 기초를 제공하고자 한다.

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Private universities have a different tax benefit regulation from other tax-exempt organizations. As the unrelated business income of a private university becomes diverse, it is difficult to classify between exempt function income and unrelated business income. It's becoming important issue because some special tax benefit regulations of the private universities will expire at the end of 2006.
Results of the study summarized as follows.
First, the scope of unrelated business income should be clarified and specified in laws. Educational purpose income from career center, venture centers and other education-related businesses should be excluded from unrelated business income. Also, tax authority should issue the taxation guidelines for diverse nonprofit organizations.
Second, dividend income should be treated the same as interest income in computing the provision for unrelated business income of private universities. The scope of exempt function expenditure should be adjusted.
Third, the tax benefit supporting private universities should be expanded in the area of local tax(especially, acquisition tax, property tax and land tax), and income from research and donation.

* Associate Professor, Department of Tax Accounting Information, Kyungbok College.
Finally, tax review system of tax-exempt organizations should be replaced to external audits and the tax forms should be open to public as specified in law. Gift tax resulting from self-dealing should not be levied on tax-exempt organization but individual(donor). Private school law regarding the dissolution should be expanded to private universities in addition to private secondary schools.
These suggestions were intended to improve the tax system for private universities to support financial aspects and to enhance tax compliance. In addition, this study is expected to provide background on the further tax research in nonprofit organizations including educational organizations.

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